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seqkit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元文件#xff0c;包括Windows#xff0c;Linux#xff0c;MacOS

X#xff0c;并且不依赖于任何的配置或预先配置就可以直接使用。

关于seqk…1.软件介绍

seqkit是一种跨平台的、极快的全面的fasta/q处理工具。

seqkit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元文件包括WindowsLinuxMacOS

语言go

项目版本下载地址SeqKit2.2.0https://github.com/shenwei356/seqkit/archive/refs/tags/v2.2.0.tar.gz毕昇编译器2.1.0https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit/compiler/bishenggogo1.18https://dl.google.com/go/go1.18.linux-arm64.tar.gz

2.3.

SP3https://repo.openeuler.org/openEuler-20.03-LTS-SP3/Kernel4.19.90https://gitee.com/openeuler/kernel

3.移植规划

本章节给出seqkit软件在移植过程中涉及到的相关软件安装规划路径的用途及详细说明。

移植路径规划

序号软件安装规划路径用途说明1/usr/local/bisheng毕昇编译器的安装规划路径。

这里的安装规划路径只是一个举例说明建议部署在共享路径中。

需要根据实际情况调整后续章节凡是遇到安装路径的命令都以现网实际规划的安装路径为准进行替换不再单独说明。

2/usr/local/seqkit/gogo环境安装规划路径。

3/usr/local/seqkit/seqkitSeqKit的安装规划路径。

4.配置编译环境

在/etc/yum.repos.d/目录下增加配置文件bisheng-compiler.repo

cat

/etc/yum.repos.d/bisheng-compiler.repo

EOF[bisheng-compiler]namebisheng-compilerbaseurlhttps://repo.oepkgs.net/bisheng/aarch64/enabled1gpgcheck0priority100EOF步骤2

从yum源下载和安装毕昇编译器rpm包

-r防止clang命令被hash捕获出现毕昇编译器或开源LLVM编译器无法使用的问题。

步骤4

在毕昇编译器产品页选择“毕昇编译器软件包下载”获取毕昇编译器软件包并且上传至服务器上。

软件包下载页面https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit/compiler/bisheng

安装毕昇编译器环境依赖项

/usr/local/为举例说明路径请根据用例存放实际路径修改。

步骤4

https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/compiler/bisheng_compiler/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux.tar.gz

tar

bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux.tar.gz解压完成后在当前。

yum

/usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles新增如下内容

#%Module1.0

/usr/local/bisheng/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux/bin

prepend-path

/usr/local/bisheng/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux/lib步骤7

在当前shell中加载环境变量

/usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles注意若要避免每打开一个shell就要导入一次变量的情况建议可将环境变量写入到系统配置文件中(可选)

/etc/profile新增如下内容

/usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles步骤

source

-r防止clang命令被hash捕获出现毕昇编译器或开源LLVM编译器无法使用的问题。

安装完毕后执行如下命令验证毕昇编译器版本

https://dl.google.com/go/go1.18.linux-arm64.tar.gz步骤

创建安装路径

/usr/local/seqkit/注请以实际压缩包名称进行解压缩操作。

配置环境变量

/usr/local/seqkit/go/go_modulefiles新增如下内容

#%Module1.0

/usr/local/seqkit/go/go_modulefiles步骤

若要避免每打开一个shell就要导入一次变量的情况建议可将环境变量写入到系统配置文件中(可选)

/etc/profile新增如下内容

/usr/local/seqkit/go/go_modulefiles步骤

source

GOPROXYhttps://goproxy.cn5.获取源码

下载地址https://github.com/shenwei356/seqkit/archive/refs/tags/v2.2.0.tar.gz

6.编译和安装

https://github.com/shenwei356/seqkit/archive/refs/tags/v2.2.0.tar.gz步骤

解压缩包

/usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles新增如下内容

#%Module1.0

/usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles步骤

若要避免每打开一个shell就导入一次变量的情况建议可写入到系统配置文件中(可选)

/etc/profile新增如下内容

/usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles步骤

source

测试验证数据及脚本皆来自seqkit源码包源码包下载地址见第5章节数据及脚本所在包中位置

拷贝测试验证脚本到当前目录

编辑脚本删除seqkit的生成命令修改脚本中的seqkit所在路径为安装位置

修改前