原文:
towardsdatascience.com/principal-component-analysis-hands-on-tutorial-3a451ff3d5db
主成分分析或
PCA
是统计学家和机器学习从业者可用的最受欢迎的降维方法之一。
在深入探讨这意味着什么之前,让我们谈谈一些我们日常生活中使用此类方法的场景,可能甚至不知道我们在这样做。
搜索引擎:当我们使用谷歌或其他网站来寻找问题的答案时,它们并不是逐字匹配我们的搜索查询,而是首先使用方法将我们的搜索复杂度简化为更小的部分,然后进行搜索——简化复杂度可以带来更快的搜索结果,这是通过降维来实现的。
图像压缩:你还记得你试图将图片上传到网站,却发现图片超过了最大文件大小限制的时候吗?在处理了随之而来的挫败感之后,我们随后寻求像
Photoshop
或类似工具在底层执行的操作被称为降维。
音乐:音乐流媒体服务使用各种方法来减小正在流传输的音乐的大小,以节省我们和他们自己的带宽和成本。
实现这一目标的一种方法就是使用降维。
PCA
作为一种统计分析方法,已经存在了一段时间,因此已经在各种帖子中进行了介绍。
在这篇文章中,我们不会回顾
PCA
背后的统计方法的细节,而是将重点放在更现代的例子上,这些例子读者今天可以更好地与之相关联,并帮助学习者更直观地掌握这个主题。
现在我们已经熟悉了使用案例,让我们看看这些维度是什么以及它们是如何被降低的!
/>1.
什么是维度以及为什么要降低它?
在机器学习和统计分析的背景下,给定数据集中的每个变量或特征可能被称为“维度”。
例如,如果一个机器学习模型的目的是预测房屋的价格,使用邮政编码、面积、楼层数和卧室数这四个变量,每个变量都被称为“维度”。
“维度”指的是数据集中这些变量的数量,在我们的例子中是四个。
换句话说,我们的例子被称为四维数据集。
在我们上面的例子中,我们不会太关心降低维度,因为只有四个维度,但在有更高维度的情况下,降低维度变得更为重要。
例如,在自然语言处理(NLP)领域,每个单词或标记可以被视为一个维度,正如你可以想象的那样,在一个足够大的文档中,我们最终会得到成千上万的标记和结果维度。
另一个例子是在计算机视觉(CV)领域,处理图像。
图像中的每个像素都可以被视为一个特征或维度。
如果一个图像有
100x100
个维度。
随着尺寸的增加,降低维度变得更加重要。
虽然在数据集中拥有更多的特征和维度代表了更多的信息,但这也带来了成本,因为它使得处理数据集变得更加复杂和昂贵。
在这种情况下,我们使用降维方法,如
PCA,来加速机器学习模型的计算,并降低数据的复杂性(即提高可解释性)。
接下来,让我们看看
PCA
是如何工作的?
使用任何降维方法的主要目标,正如其名所示,是在尽可能保持数据中可用信息的同时,减少数据的维度。
在数据集中变化最大的特征往往携带更多信息,因此,在这个上下文中,信息可以被视为每个特征或组件的方差,代表着数据的分布或分布情况。
有了这些知识,我们可以更好地理解
PCA
通过将数据减少到其主成分来降低维度。
因此,我们可能从一个
1,000
维的空间(数据集)开始,使用
PCA
的概念定义,我们将通过三个表格数据、文本和图像的示例来了解
PCA
在实际中的应用。
让我们开始吧!
/>3.
表格数据
对于第一个示例,我们将利用来自
Scikit-Learn
数据集,这是最著名的实践数据集之一,可在开源、商业可用的BSD
150
列。
因此,数据集是四维的。
由于有四个维度,人类无法想象这个数据集的空间表示,但我们可以将维度减少到两个,然后可视化转换后的数据集。
我们将使用一些库,这些库可以使用下面的代码块安装:
%%shpip
gensim-q
让我们先导入我们将用于此练习的包:
#import
libraries
importnumpyasnpimportpandasaspdfromsklearn.datasetsimportload_irisfromsklearn.preprocessingimportStandardScalerfromsklearn.decompositionimportPCAimportmatplotlib.pyplotasplt%matplotlibinline
接下来,我们将加载数据集,标准化数据并应用
PCA:
#load
dataset
iris=load_iris()X=iris.datay=iris.target#
standardize
datascaler=StandardScaler()X_std=scaler.fit_transform(X)#
apply
pcapca=PCA(n_components=2)principal_components=pca.fit_transform(X_std)
注意,我们选择了一个二维数据集,其中我们确定了n_components。
现在让我们创建一个包含我们上面创建的两个主成分的数据框,然后可视化它。
#dataframe
components
principal_df=pd.DataFrame(data=principal_components,columns=['PC1','PC2'])final_df=pd.concat([principal_df,pd.DataFrame(y,columns=['target'])],axis=1)#visualization
plt.figure(figsize=(8,6))targets=[0,1,2]colors=['r','g','b']fortarget,colorinzip(targets,colors):indices=final_df['target']==targetplt.scatter(final_df.loc[indices,'PC1'],final_df.loc[indices,'PC2'],c=color,s=50)plt.legend(iris.target_names)plt.xlabel('Principal
Component
1')plt.ylabel('Principal
Component
2')plt.title('PCA
Iris
Dataset')plt.show()
https://github.com/OpenDocCN/towardsdatascience-blog-zh-2024/raw/master/docs/img/e85d7c1ead804629ede5157519494a3e.png
Iris
数据集的主成分分析
好吧,现在我们有了数据集上方的二维表示,但在从
维降低到
维的过程中,我们失去了多少信息?记住,在这个上下文中,我们将方差视为信息,所以让我们看看当我们选择降低维度时,有多少方差被解释。
整个过程与我们上面所做的是非常相似的,所以我会跳过解释每一个步骤,但我已经在代码中添加了注释,以便更容易地跟踪代码。
整体过程是这样的:我们首先选择主成分的数量为
Iris
数据集的原始特征计数,然后计算四维数据集的方差。
由于原始数据集有四个特征,那么四维主成分将代表数据集中的原始方差。
然后我们将逐个减少维度,计算每一步的方差,最后可视化结果以展示在每一步通过降维丢失了多少信息(即方差)。
#load
dataset
iris=load_iris()X=iris.data#standardize
data
scaler=StandardScaler()X_std=scaler.fit_transform(X)#apply
variance)
pca=PCA(n_components=4)pca.fit(X_std)#calculate
component
explained_variance=pca.explained_variance_ratio_#calculate
variance
cumulative_variance=np.cumsum(explained_variance)#visualize
plt.figure(figsize=(6,4))plt.plot(range(1,len(cumulative_variance)+1),cumulative_variance,marker='o',linestyle='--',color='b')plt.title('CumulativeExplained
Variance'
)plt.xlabel('NumberPrincipal
Components'
)plt.ylabel('CumulativeExplained
Variance'
)plt.grid()plt.show()https://github.com/OpenDocCN/towardsdatascience-blog-zh-2024/raw/master/docs/img/f241a273fef118ac8a77eb8d9ce642f7.png
各种主成分数量的累积解释方差
这非常有趣!我们可以看到,从右上角开始,四维解释了
100%的方差,正如预期的那样,因为这是
Iris
时,信息损失增加,因为我们分别保持了大约
96%和
文本
词嵌入是单词的向量(或数组)表示。
对于这篇帖子,我们不需要完全理解这是如何实现的,但我们只需要知道例如单词"medium"可以被一个数字数组表示。
这几乎就像用不同的字母表书写一样——想象一个世界,在那里我们不是用字母,而是用数字来表示单词。
让我们导入几个库,并查看使用嵌入单词"medium"将看起来是什么样子。
注意,我们使用的是全球词表示向量(GloVe),这是来自斯坦福大学的一个
import
librariesimportgensim.downloaderasapifromsklearn.decompositionimportPCAimportmatplotlib.pyplotasplt%matplotlib
inline#
embeddingmodel=api.load('glove-wiki-gigaword-50')#
50-dimensional
embeddings
现在我们已经导入了必要的库,让我们看看单词"medium"的嵌入是什么样的:
model['medium']https://github.com/OpenDocCN/towardsdatascience-blog-zh-2024/raw/master/docs/img/0824144445436f987ca6cf91a9fcc06e.png
使用
GloVe
嵌入的单词"medium"
如预期,这是一个包含
个数字的数组,代表单词"medium"。
这个数组对人类读者来说并没有太多意义,但如果我们向模型提供这个嵌入,并告诉模型我们使用了
GloVe
来创建嵌入,那么模型就会理解我们的意思是"medium"!这些嵌入是强大的工具,使人类与机器之间的沟通成为可能。
现在我们理解了这个概念,让我们选择一组随机的单词,将它们从
维减少到二维,并可视化它们。
#select
words
words=['red','blue','green','yellow','purple','orange','pink','brown','black','white']word_vectors=[model[word]forwordinwords]#apply
pca
pca=PCA(n_components=2)components=pca.fit_transform(word_vectors)#visualize
embeddings
plt.figure(figsize=(8,6))fori,wordinenumerate(words):plt.scatter(components[i,0],components[i,1])plt.annotate(word,(components[i,0],components[i,1]))plt.title('PCAWord
Embeddings'
)plt.xlabel('PrincipalComponent
1'
)plt.ylabel('PrincipalComponent
2'
)plt.show()https://github.com/OpenDocCN/towardsdatascience-blog-zh-2024/raw/master/docs/img/58466f7dda512a33d4c9ef262438f125.png
将单词嵌入到二维空间
如上图所示,单词现在被减少到只有两个维度,因此我们可以可视化它们。
让我们再次看看当我们减少维度时会丢失多少信息。
这个过程与我们上次做的是类似的,所以让我们直接进入代码:
#reduce
dimensions
pca_10d=PCA(n_components=10)word_vectors_10d=pca_10d.fit_transform(word_vectors)#explained
ratio
explained_variance_ratio_10d=pca_10d.explained_variance_ratio_#cumulative
variance
cumulative_variance_10d=np.cumsum(explained_variance_ratio_10d)#plot
plt.figure(figsize=(8,6))plt.plot(range(1,11),cumulative_variance_10d,marker='o',linestyle='--',color='b')plt.title('CumulativeExplained
Components'
)plt.xlabel('NumberPrincipal
Components'
)plt.ylabel('CumulativeExplained
Variance'
)plt.xticks(range(1,11))plt.grid()plt.show()https://github.com/OpenDocCN/towardsdatascience-blog-zh-2024/raw/master/docs/img/924875d3f445575723ae66f093a3e83a.png
不同主成分数量的累积解释方差
如预期,当我们有
个维度时,我们从右上角开始,方差为
100%,随着维度的减少,方差持续下降,直到只有一个维度时,方差大约为
37%。
看到我们的二维表示中,主成分分析(PCA)帮助我们保持了约
51%的信息,这令人印象深刻!
在下一节中,我们将转向计算机视觉领域,看看
PCA
图像
我们的最后一个例子是一个视觉例子。
我们将从一个图像开始,然后使用
PCA
减少其维度。
最后,我们将查看结果,看看图像在视觉质量和尺寸上的变化。
我使用的图片是一张由Carlos
Lugo
Unsplash拍摄的冰淇淋杯子的照片。
我们遵循的步骤与我们迄今为止所做的是非常相似的,但这次我们将
PCA
方法应用于图像,而不是文本。
注意,为了运行这段代码,您需要首先从Unsplash下载图片,并将其保存到您的当前工作目录中,命名为icecream.jpg。
然后代码将顺利运行。
#import
libraries
importnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltfromsklearn.decompositionimportPCAfromskimageimportio,color#load
image
image=io.imread('icecream.jpg')#convert
scale
gray_image=color.rgb2gray(image)#get
changes
original_size=gray_image.sizeoriginal_shape=gray_image.shapeprint(f"Original
Image
pixels):{original_size}")print(f"Original
Image
Shape:{original_shape}")#
standardize
flatenning)h,w=gray_image.shape
flat_image=gray_image-np.mean(gray_image,axis=0)#
pca
dimensionspca=PCA(n_components=50)image_pca=pca.fit_transform(flat_image)#
get
dimensionality-reduced/transformed
imagereduced_size=image_pca.size+pca.components_.size
reduced_shape=image_pca.shapeprint(f"Reduced
Image
PCA):{reduced_size}")print(f"Reduced
Image
PCA):{reduced_shape}")
https://github.com/OpenDocCN/towardsdatascience-blog-zh-2024/raw/master/docs/img/929a25bb4f6113b132ded6764caffc8a.png
在进一步讨论之前,让我们暂停一下,因为这非常有趣。
我们可以看到,像素计数从原始图像的
18,438,054
实现的!在需要压缩图像以节省空间或加快计算的各种用例中,PCA
可以非常有用。
我们还可以在“形状”中看到,原始图像有
3,506
个特征(或维度),我们将它们减少到
50,从而实现了上述像素减少。
但这会导致我们能够直观确认的图像质量损失吗?让我们来对比一下!
#reconstruct
later
reconstructed_image=pca.inverse_transform(image_pca)#plot
side
plt.figure(figsize=(12,6))#original
image
plt.subplot(1,2,1)plt.imshow(gray_image,cmap='gray')plt.title("OriginalImage"
)plt.axis('off')#transformed
image
plt.subplot(1,2,2)plt.imshow(reconstructed_image,cmap='gray')plt.title("ReconstructedImage
(PCA)"
)plt.axis('off')plt.show()https://github.com/OpenDocCN/towardsdatascience-blog-zh-2024/raw/master/docs/img/beaf1e0e1b3cd6340d4b61c47ae8c42f.png
图片对比
Lugo在Unsplash上发布,右侧为转换版本
这非常有趣!你有没有尝试过减小图像的大小,以便将其附加到电子邮件中或提交到申请中?这正是它的作用。
我们可以看到,右侧的转换(重构)图像似乎比左侧的原始图像质量低。
因此,我们使用
PCA
减小了图像的大小,但我们也为此付出了质量损失或我们称之为信息或“方差”的代价。
让我们量化这种信息损失。
#explained
information/variance
explained_variance=pca.explained_variance_ratio_cumulative_variance=np.cumsum(explained_variance)#
plotplt.figure(figsize=(8,6))plt.plot(range(1,len(cumulative_variance)+1),cumulative_variance,marker='o',linestyle='--',color='b')plt.title('Cumulative
Explained
Components')plt.xlabel('Number
Principal
Components')plt.ylabel('Cumulative
Explained
Variance')plt.grid()plt.show()
https://github.com/OpenDocCN/towardsdatascience-blog-zh-2024/raw/master/docs/img/fe38b8d637ddcbe515b3d1c697225da2.png
不同主成分数量的累积解释方差
与之前的例子类似,我们可以看到,随着我们降低数据的维度,信息(通过方差来衡量)是如何丢失的,从
98%解释方差降低到只有
/>
结论
在这篇文章中,我们探讨了降维是什么以及它在文本应用(如搜索优化、降低音乐流媒体和图像压缩的文件大小)中的用例。
然后我们介绍了主成分分析作为降维的一种流行方法,并探讨了三个降维的实战示例。
/>
感谢阅读!
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